L’Escherichia coli séquencée en 3 jours via le PGM, Ion torrent

Le séquenceur de paillasse PGM IonTorrent

Notre laboratoire possède un PGM IonTorrent de Life Technologies. Cet outil haut-débit est un séquenceur de paillasse permettant de réaliser des runs à prix relativement accessible, inférieur à 800€/run  (cf. notre historique du séquençage proposé dans un post précédent).

Nous avons pu réaliser, en avant-première, un séquençage complet d’une souche d’Escherichia coli sur une puce 316 ,qui permet d’obtenir 100Mb / run, soit l’équivalent d’un peu plus d’une couverture de 20X d’une Escherichia coli.

Pour plus d’informations sur ce séquençage, vous pouvez lire:

– le communiqué de presse associé : CP_Escherichia_coli

-L’article de Futura Sciences sur le sujet : http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/genetique-1/d/sequencage-haut-debit-de-coli-vers-une-medecine-personnalisee_31316/

– Des articles plus généralistes sortis dans différents journaux :

www.20minutes.fr

partenairesante.arsnpdc.fr

Ou regarder ces reportages (datés du 06/07/2011) :

Reportage-LCI-séquençage-coli-06072011

Reportage-BFMTV-séquençage-coli-06072011

10 chips 314 = 1 chip 316

étape de préparation de la matrice enrichie

Le procédé de séquençage se déroule sur 3 jours :

– préparation de la librairie : 1 jour (fragmentation de l’ADN génomique…)

– préparation de la matrice : 1 jour (PCR en émulsion + enrichissement)

-séquençage de la matrice enrichie : 1/2 jour

c'est parti !

Et on obtient le report suivant : Report Run IonTorrent

(*) Sequencing data were generated using system software and protocols bothnon released and non supported by Ion Torrent^TM (part of Life Technologies^TM) and may not reflect actual Ion Torrent PGM^TM performance in term of throughput and/or accuracy.