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Si vous vous intéressez au séquençage haut-débit, que vous souhaitez avoir un panorama des diverses technologies à disposition et que vous êtes friands de schémas de principe: la publication de Sara Goodwin, John D. McPherson & W. Richard McCombie. Cet article publié dans la revue Nature de mai 2016 promet de faire un retour en arrière sur 10 ans d’évolution du séquençage haut-débit. Elle parvient à tenir ses promesses et livre effectivement des schémas (avec la charte graphique « Nature ») très bien faits, très pédagogiques ! En outre, le tableau (Table 1 | Summary of NGS platforms) permet à tous les pourvoyeurs de projets nécessitant le recours à du séquençage, d’avoir un pense bête sous la main pour associer la bonne technologie à la question biologique qui leur incombe… Et comme vous êtes pressés, vous pourrez retrouver l’intégralité de cet article en vous promenant et cliquant sur l’image ci-dessous.
La diversité du parc technologique des séquenceurs de deuxième génération n’est plus une surprise pour personne. Ceci étant, il devenait indispensable de mettre à jour l’ensemble des informations postées sur ce site, il y a exactement deux ans (2011), faisant un état de l’art des différentes caractéristiques technologiques des séquenceurs, ainsi que les possibles applications biologiques associées.
Pour ne mentionner que les trois plus gros fournisseurs du marché, les sociétés Roche, Illumina et Life Technologies n’ont cessé de faire évoluer leur gamme, tant sur le plan des équipements que sur le plan des capacités de séquençage.
Par voie de conséquence, ce survol est l’occasion de refaire le point sur les technologies appropriées selon l’application biologique recherchée. A noter que le Ion proton, dernier en date sur le marché des séquenceurs de deuxième génération disposera au cours de l’année 2014 d’une puce « PIII » permettant de générer environ 64Gb. Cette capacité de séquençage permettra à Ion torrent de se positionner sur le séquençage de génome humain à partir d’un séquenceur de paillasse et accèdera ainsi à la gamme complète des applications citées ci-dessous.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
