Une heatmap (carte de densités) suite à un séquençage Ion Torrent évalue la densité de billes vivantes (porteuses d’une, ou malheureusement plusieurs, dans le cas de billes polyclonales, séquences matrice de séquençage).

Plus la surface de la puce de séquençage tire vers le rouge sombre plus important devrait être le nombre de reads séquencés. A l’inverse, le bleu sera indicateur d’une zone non pourvue de billes vivantes ou de billes tout court.

Ce premier indicateur de « qualité » de run est très précoce puisqu’il n’est pas nécessaire d’attendre la fin du run pour l’obtenir… ainsi une surface de puce en dégradés de bleus ne vous laissera aucune chance quant à l’exploitation des données (volume trop faible de reads). Il est à noter que la seule lecture de la séquence clé TCAG (portée par la matrice de séquençage) permet à la suite logiciel du PGM Ion Torrent de définir une bille vivante. Ainsi le rouge intégral est loin d’être un indicateur suffisant d’un séquençage satisfaisant.

Aujourd’hui à titre d’exemple nous avons obtenu lors de notre run cette heatmap (photo_Gaël Even) :