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En pleine guerre froide des compagnies de biotechnologies, développeuses et vendeuses de matériel de séquençage… une fuite de documents est organisée. Le tout pour fournir aux personnes prescriptrices ou décideuses d’un futur achat de séquenceur, les arguments pour orienter ou justifier leur choix… parfois même leur mauvaise foi.

En cliquant sur la volute nucléique (depuis le 30/08/2012 – ce lien est censuré par Illumina- cf. commentaires de ce même article) ci-dessus vous aurez accès à un vrai-faux document confidentiel fourni par Illumina. Ce document assez bien réalisé a devancé celui de Life Technologies présenté dans notre article précédent. Il met l’accent sur le bénéfice, au niveau de la qualité des données générées, que procure un MiSeq (Illumina) par rapport à un PGM (Ion Torrent, Life Technologies)

Un document paru dans la Ion Community (site de partage autour de la technologie Ion Torrent et Ion Proton de Life Technologies) commence à faire parler de lui. En effet, des scientifiques de Life Technologies montrent et démontrent que le MiSeq d’Illumina produit (aussi) des erreurs au niveau des homopolymères.

Nous savions depuis longtemps que les séquenceurs de type 454 ou Ion Torrent montraient des biais quant à détermination correcte de ce type de séquences… Ici, pour la première fois les méthodes de SBS (Sequencing By Syntesis) dont le principe pour la technologie Illumina est rappelée par le schéma disponible ci-dessous, montrent des biais étonnement importants pour la juste détermination de séquences adjacentes d’homopolymères (particulièrement concernant les régions GC % riches). La note qui met le feu dans l’argumentaire commercial d’Illumina est disponible ici-même. Une hypothèse quant à la génération de ce type d’erreurs est formulée.

Nous vous laissons le soin de lire la note, intéressante malgré la partialité de la source. La démonstration quoique scientifique, montre l’âpreté de la bataille qui se joue entre les acteurs majeurs du séquençage de paillasse de deuxième génération.

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