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A l’issue d’un « run » de séquençage Ion Torrent (PGM), l’ensemble du signal brut (ionogramme) est converti en séquences et stocké au niveau du serveur. Pour chaque « run de re-séquençage», un alignement préliminaire est réalisé sur la base du génome de référence mentionné lors de l’initialisation du PGM. Cette information est reprise au travers d’un rapport qui comporte également un ensemble de paramètres, que l’on se propose de détailler ci-dessous :

(Cliquer pour agrandir) 

Le rapport se divise en 5 sections:

 

Le séquenceur de paillasse PGM IonTorrent

Notre laboratoire possède un PGM IonTorrent de Life Technologies. Cet outil haut-débit est un séquenceur de paillasse permettant de réaliser des runs à prix relativement accessible, inférieur à 800€/run  (cf. notre historique du séquençage proposé dans un post précédent).

Nous avons pu réaliser, en avant-première, un séquençage complet d’une souche d’Escherichia coli sur une puce 316 ,qui permet d’obtenir 100Mb / run, soit l’équivalent d’un peu plus d’une couverture de 20X d’une Escherichia coli.

Pour plus d’informations sur ce séquençage, vous pouvez lire:

– le communiqué de presse associé : CP_Escherichia_coli

-L’article de Futura Sciences sur le sujet : http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/genetique-1/d/sequencage-haut-debit-de-coli-vers-une-medecine-personnalisee_31316/

– Des articles plus généralistes sortis dans différents journaux :

www.20minutes.fr

partenairesante.arsnpdc.fr

Ou regarder ces reportages (datés du 06/07/2011) :

Reportage-LCI-séquençage-coli-06072011

Reportage-BFMTV-séquençage-coli-06072011

 

10 chips 314 = 1 chip 316

 

 

étape de préparation de la matrice enrichie

Le procédé de séquençage se déroule sur 3 jours :

– préparation de la librairie : 1 jour (fragmentation de l’ADN génomique…)

– préparation de la matrice : 1 jour (PCR en émulsion + enrichissement)

-séquençage de la matrice enrichie : 1/2 jour

c'est parti !

 

Et on obtient le report suivant : Report Run IonTorrent

(*) Sequencing data were generated using system software and protocols bothnon released and non supported by Ion TorrentTM (part of Life TechnologiesTM) and may not reflect actual Ion Torrent PGMTM performance in term of throughput and/or accuracy.

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