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Le développement des technologies à haut-débit dédiés aux petits ARNs non codant, récemment identifiés (fin des années 90), voit régulièrement déferler des solutions commerciales et libres pour l’analyse gene ontology.
Ce poste est l’occasion de mettre en exergue « miRSystem« , l’un des rares systèmes d’analyses intégrés, gratuit, et intuitif permettant la prédiction de gènes cibles et leurs pathways associés à partir d’une liste de miRs d’intérêt.
La puissance de cet outils réside dans:
1) l’intégration de sept programmes bien connus de prédiction de gènes cibles (DIANA, miRanda, miRBridge, PicTar, PITA, rna22 et TargetScan – cf fig. ci-dessous, rectangles blancs), et qui pour la plupart d’entre eux sont incapables de gérer une analyse englobant plusieurs miRs.
2) l’incorporation de deux algorithmes pour la caractérisation des fonctions biologiques et pathways sur la base de la prédiction des gènes cibles et faisant appel à cinq bases de données (KEGG, Biocarta, PID, Reactome et Gene Ontology – cf fig. ci-dessous, rectangle orange).
Citation
PLoS One. 2012;7(8):e42390. doi: 10.1371/journal.pone.0042390. Epub 2012 Aug 1.
miRSystem: an integrated system for characterizing enriched functions and pathways of microRNA targets.
Lu TP1, Lee CY, Tsai MH, Chiu YC, Hsiao CK, Lai LC, Chuang EY.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
