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A l’issue d’un « run » de séquençage Ion Torrent (PGM), l’ensemble du signal brut (ionogramme) est converti en séquences et stocké au niveau du serveur. Pour chaque « run de re-séquençage», un alignement préliminaire est réalisé sur la base du génome de référence mentionné lors de l’initialisation du PGM. Cette information est reprise au travers d’un rapport qui comporte également un ensemble de paramètres, que l’on se propose de détailler ci-dessous :
(Cliquer pour agrandir) 
Le rapport se divise en 5 sections:
L ’évolution de la technologie Ion torrent permet depuis ces derniers jours, d’accéder au format de puce « 316 » succédant à la « 314 ». Ces puces multiplient par 10 la quantité de données générées à l’issue d’un « run » de séquençage aboutissant ainsi à 100 Mb.
De manière à bénéficier de la capacité totale de ces puces, une mise à jour du serveur, ainsi qu’une configuration du PGM en version 1.4 sont nécessaires et ont été réalisées ce jour. Ces modifications se traduisent par une amélioration de l’algorithme d’analyse (basecalling, alignement, …) optimisant le nombre de reads considérées et traitées. Le développement apporté au niveau des « runs » permet désormais d’intégrer des « reads » de plus grande taille (jusqu’à 200b environ) directement lié à une amélioration de la précision de séquençage.
Impact de la version1.4 à travers le report d'un "run"
Techniquement, quelques modifications au niveau du PGM ont conduit au remplacement de certaines tubulures (diamètre supérieur aux précédentes) : Cet épisode fut l’occasion de découvrir les entrailles de la machine…
Le séquenceur de paillasse PGM IonTorrent
Notre laboratoire possède un PGM IonTorrent de Life Technologies. Cet outil haut-débit est un séquenceur de paillasse permettant de réaliser des runs à prix relativement accessible, inférieur à 800€/run (cf. notre historique du séquençage proposé dans un post précédent).
Nous avons pu réaliser, en avant-première, un séquençage complet d’une souche d’Escherichia coli sur une puce 316 ,qui permet d’obtenir 100Mb / run, soit l’équivalent d’un peu plus d’une couverture de 20X d’une Escherichia coli.
Pour plus d’informations sur ce séquençage, vous pouvez lire:
– le communiqué de presse associé : CP_Escherichia_coli
-L’article de Futura Sciences sur le sujet : http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/genetique-1/d/sequencage-haut-debit-de-coli-vers-une-medecine-personnalisee_31316/
– Des articles plus généralistes sortis dans différents journaux :
Ou regarder ces reportages (datés du 06/07/2011) :
Reportage-LCI-séquençage-coli-06072011
Reportage-BFMTV-séquençage-coli-06072011
10 chips 314 = 1 chip 316
étape de préparation de la matrice enrichie
Le procédé de séquençage se déroule sur 3 jours :
– préparation de la librairie : 1 jour (fragmentation de l’ADN génomique…)
– préparation de la matrice : 1 jour (PCR en émulsion + enrichissement)
-séquençage de la matrice enrichie : 1/2 jour
c'est parti !
Et on obtient le report suivant : Report Run IonTorrent
(*) Sequencing data were generated using system software and protocols bothnon released and non supported by Ion TorrentTM (part of Life TechnologiesTM) and may not reflect actual Ion Torrent PGMTM performance in term of throughput and/or accuracy.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
