Il s’agit d’un run sans valeur biologique qui a été réalisé dans le cadre d’une validation proposée par le fournisseur (Life) pour le « label CSPro ». Ce run consiste notamment, en un re-séquençage de E. coli DH10B.

Ce type de données peut (vous) permettre d’évaluer la technologie (taux d’erreur, profondeur…) de séquençage haut-débit d’une part. D’autre part ces données peuvent servir afin d’évaluer les logiciels d’assemblage tels que ceux que nous possédons (DNastar, CLC genomic workbench, Partek…) pour des reads issus de PGM (Ion Torrent).

• Accès au jeu de données librairie DH10B au format sff (compressé)
• Accès à la référence, génome annoté de DH10B
• Accès au rapport de run au format pdf
• Accès au Library Sequence (FASTQ)

Vous trouverez ci-dessous une partie du rapport de run relative à la qualité des reads générés et alignés sur le génome de référence à l’aide de la suite Ion Torrent version 1.4.1

Ce run a été réalisé sur une puce 314, consommable fourni pour 10 Mbases de séquençage brut (ici nous dépassons les spécifications, 32.99 Mbases séquencées, même si le présent run est considéré comme assez moyen par rapport aux résultats précédemment obtenus). Malgré tout, il est possible de couvrir un petit génome à plus de 4X à des coûts imbattables (pour l’instant)!