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Il convient tout d’abord de distinguer deux types de bioinformaticiens :
-Ceux qui sont intégrés dans une unité de recherche : ils sont souvent spécialisés sur une thématique ou même un projet précis : généralement isolés, non permanent, impliqués et informés des problématiques biologiques
-Ceux qui font partie d’une unité de bioinformatique : en émulation avec d’autres bioinformaticiens, moins précaires, plus loin des problématiques biologiques
Ce document se veut une libre opinion sur la bonne intégration d’un, ou d’une équipe, de bioinformaticiens au sein d’un groupe de recherche et les clés pour la bonne réussite de celle-ci. Il est en grande partie inspiré de l’éditorial « On the organization of bioinformatics core services in biology-based research institutes » agrémenté de commentaires plus personnels.
Pour le bien-être interne et externe d’une plateforme de bioinformatique, il convient de :
-Bien séparer les tâches dîtes de prestation et les activités de recherches.
-Scinder les sujets traités par tâches bien définies : par exemple, support en développement et maintenance de base de données, analyse statistique de données haut-débit, support pour le déploiement d’applications sur environnement HPC, analyse de donnée NGS…
-Mettre en place un comité d’utilisateurs incluant des utilisateurs biologistes/bioanalystes chargés d’établir les priorités
-Mettre en place des outils pour suivre l’activité bionformatique de la façon la plus transparente possible
-Mettre en place au maximum des projets transversaux pour favoriser l’interface entre biologiste et bioinformaticiens, les interactions pluridisciplinaires sont les plus enrichissantes et souvent les plus productives. Comme toutes disciplines, la bioinformatique peut devenir endogame, particulièrement dans ou le cadre où l’on parle de bioinformatique comme une science à part entière, et non comme un outil au service de problématiques biologiques : une équipe de bioinformatique peut très bien travailler sur des sujets « porteurs » (donc plus facile à financer) sans interagir, ou seulement sporadiquement, avec des biologistes pour valider le bien-fondé du travail. C’est une des dérives du système d’évaluation actuel, pour plus d’information, lire la libre opinion publiée dans ce blog : Chemins de traverses : la recherche d’excellence ou quand les mots perdent leur sens.
-Mettre en place des formations pour les biologistes : collaborer avec des personnes connaissant un minimum les problématiques bioinformatiques est plus efficace
-Dans le même esprit, nommer un bioinformaticien responsable pour le support utilisateurs pour assister les biologistes dans leurs tâches quotidiennes de bioanalyse est très utile pour entretenir de bonne relation avec les laboratoires de recherche
-Pour les bioinformaticiens intégrés dans une unité, il est primordial de trouver des structures permettant de rencontrer et de partager avec d’autres bioinformaticiens, à défaut, passer quelques heures par semaine à effectuer de la veille technologique peut être un palliatif.
Pour conclure, une équipe de bioinformaticiens doit communiquer un maximum avec leurs partenaires biologistes afin de favoriser une saine interaction, un bioinformaticien, seul, entourer de biologistes se doit de rester à la page, idéalement en partageant et en communiquant sur ces projets à d’autres bioinformaticiens.
L’accroissement des capacités technologiques en biologie moléculaire à pour conséquence la possibilité de séquencer/génotyper mais aussi stocker toujours plus de données constituant une manne d’informations sans limite pour qui sait en extraire du sens. C’est le travail du bioinformaticien de proposer à la fois un support technique et analytique au biologiste en même temps que la capacité en terme de ressources informatiques pour répondre aux besoins.
Ce premier post sur la place du bioinformaticien se focalise sur l’interaction avec le biologiste au sein d’un projet.
On peut dissocier un projet en trois phases :
– La préparation : identifier la question biologique, étudier la faisabilité et les coûts, mettre en place la méthodologie…
– La réalisation : génération des données biologiques et analyse bioinformatique
– La finalisation : interprétation des résultats, mise en production ou introduction d’une nouvelle question biologique
Le schéma ci-dessous montre un cheminement possible de l’intervention bioinformatique :
- Type d’intervention bioinformatique dans un projet de recherche
L’intervention du bioinformaticien est ici minimisée : il n’intervient qu’à partir de la phase analytique et dans l’interprétation des résultats (pour aider le biologiste à critiquer les résultats générés). Ceci pose plusieurs problèmes : les outils bioinformatiques doivent s’adapter, à tout prix, à la méthodologie mise en place précédemment. Si on constate que les méthodes d’analyses doivent être modifiées une fois la génération de données effectuées, la bioinformatique peut devenir ce qu’on appelle communément un goulot d’étranglement dans le projet…
Au contraire, Le schéma ci-dessous nous parait plus judicieux :
- Autre type d’interventions bioinformatique dans un projet de recherche
Ici, l’intervention bioinformatique est optimisée : le bioinformaticien est totalement impliqué dans la préparation du projet. Et, au contraire, en fin de projet, les interventions sont minimisées car la méthodologie mise en place est adaptée pour une bonne compréhension par le biologiste. L’idéal et de fournir les outils nécessaires pour que le biologistes puisse lui-même exécuter ses analyses.
Pour résumer, l’ interaction doit se faire en amont et en aval de l’analyse et l’on se doit de minimiser les interventions pendant la phase d’analyse. En aval pour conseiller sur les méthodologies à utiliser, en amont pour contrôler les erreurs éventuelles rencontrées pendant la phase d’analyse (exécuter par le biologiste).
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
