From the monthly archives: janvier 2013

En guise d’épilogue à nos quelques évocations de l’Agence d’Evaluation de la Recherche dans l’Enseignement Supérieur, voici une copie d‘un article du Monde du 03 janvier 2013 sobrement titré : Fin de vie pour l’Aéres.

L’article évoque l’élément du discours, où au dîner du 20 décembre 2012, à la Conférence des Présidents d’Université, Geneviève Fioraso a scellé définitivement le cercueil de l’Aéres qui agonisait depuis sa naissance. La ministre de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche a déclaré à cette occasion : « la sim­pli­fi­ca­tion des procédures de l’évaluation implique également des mesures législatives. Ajoutant : Je souhaite à cet égard que l’AERES actuelle soit rem­pla­cée par une agence natio­nale entiè­re­ment redé­fi­nie à par­tir des prin­cipes d’indépendance, de sim­pli­cité de fonc­tion­ne­ment et de pro­cé­dures ainsi que de légi­ti­mité scien­ti­fique et de transparence « 

Ces propos font suite à la publication, fin septembre 2012, par l’Académie des Sciences, d’un rapport où l’AERES est présentée comme un « machin » bureaucratique et peu efficace, préconisant sa suppression.

Dans cette période de transition, il est difficile d’avoir une visibilité sur les outils qui seront mis en place pour évaluer la recherche scientifique. Il faut dire que l’idée de publier les notes des évaluations a eu l’effet prévisible d’engendrer un statu quo contre-productif pour ce qui est de l’objectif fixé : l’innovation…  plus  une unité est bien évaluée, mieux elle sera financée, donc mieux elle sera évaluée… Ce type d’évaluation engendre des circonvolutions plus que des innovations.

Sur le portail de l’AERES aucune ligne sur la mort annoncée de l’agence.

L’Aéres en chiffres :

Bilan :

Entre 2007 et 2011, l’Aéres a évalué 3 960 formations, 3 196 unités de recherche, 5 483 équipes de chercheurs, 325 établissements d’enseignementsupérieur et 18 organismes de recherche.

Notations :

Sur les 2 613 unités de recherche auditées entre 2008 et 2011 :

21,5 % ont obtenu la note A + ; 43,6 % la note A ; 28 % B ; et 5,8 % C.

Pour les 3 740 cursus (licences, masters et doctorats), 6 % de A + ; 44 % de A ; 41 % de B et 9 % de C.

Moyens :

5 900 experts (18 % étrangers), un budget de 17 millions d’euros, 170 salariés.

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Le mois de décembre 2012 a connu le lancement du kit 400 bases (

Ion PGM™ Template OT2 400 Kit) qui est principalement attendu pour les applications de séquençage de novo et de séquençage d’amplicons ciblant le 16S, 18S ou encore ITS2 (respectivement pour l’étude de la diversité bactérienne, eucaryote ou fongique) pour les études métagénomiques. Comme vous pouvez le constater cette application est uniquement supportée par le One Touch 2 devenu nécessaire pour accéder aux reads de 400 bases (c’est en partie pour cette raison que notre plateforme PEGASE-Biosciences a décidé de se doter de cette automate).

L’autre nouveauté est portée par les consommables de séquençage associés au Ion Proton (le grand frère du PGM). En effet, si la Puce Ion PIII est encore virtuelle, la PI et PII, permettent de délivrer : 10 Gb et 70 millions de reads filtrés environ pour la première, contre plus de 280 de millions de reads et plus de 70 Gb pour la seconde (de quoi séquencer un génome humain à 20 X).

Du côté de Life Technologies et de sa technologie Ion Torrent, sans aucun doute, la principale nouveauté de l’année 2013 touche l’amplification clonale (phase où, à partir de la librairie préparée, est réalisée la matrice de séquençage fixée de manière covalente sur des billes qui se logeront dans les puits présents sur la puce). Ainsi, la fameuse (et pour certains la fâcheuse) phase de PCR en émulsion trouvera une alternative avec la chimie isothermique dite « avalanche » (dont vous pouvez voir l’aperçu d’un run ci-dessous). A en croire Life Technologies, cette chimie ouvre la voie à des tailles de séquences générées encore plus longues.

Bien entendu, Life Tech annonce l’arrivée d’un nouvel automate permettant d’intégrer la nouvelle chimie mais aussi de charger les puces (et pour quelques dizaines de k€, d’épargner au manipulateur les deux phases délicates du séquençage).

Pour conclure brièvement, l’une des nouveautés et non des moindres : l’acceptation du PGM comme diagnostic moléculaire CE-IVD (un parcours pas vraiment de tout repos) a n’en pas douter une conformité qui ne devrait pas laisser insensible les chercheurs, praticiens hospitaliers.

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