From the monthly archives: avril 2013

Société  Française  de  Microbiologie, le Vendredi  17  Mai  2013, vous propose un colloque ayant pour thème central : les   nouvelles  méthodes  de  détection  des  micro -­‐organismes  :  PCR/ESI-­‐TOF  MS,  séquençage  de  nouvelle  génération.

ASIEM,  6  Rue  Albert  de  Lapparent,  75007  Paris   (Métro   Ségur,   ligne   10)

L’intégralité du programme est disponible (ici, au format pdf) : les représentants des 3 fournisseurs de séquenceurs de paillasse de 2ème génération (Roche, Life et Illumina)  y seront présents avec des interventions regroupées en deuxième partie de matinée. Outre le séquençage haut-débit, ce colloque est l’occasion d’entendre parler de PCRs couplées à de la spectrométrie de masse comme outil de détection moléculaire.

Des informations complémentaires sont disponibles sur le site de la SFM.

Tagged with:
 

L’accélération du débit bibliographique faisant référence aux « miRNA » atteste aisément de leur caractérisation récente (Lee RC et al., Cell (1993)) et de l’intérêt lié à leurs potentielles fonctions .

Il aura fallu près de dix années supplémentaires pour mettre en évidence leur implication en tant que régulateurs biologiques (notamment au niveau de la régulation de l’expression des gènes) et leurs impacts dans de certains cancers… Aussi, le développement des nouvelles technologies de séquençage à haut débit contribue forcément à cette émergence.

Ce poste est l’occasion de présenter « miRNAtools » qui comme son nom l’indique, regroupe un grand nombre de liens renvoyant vers différents outils  dédiés aux miRNA.

Analyse de données NGS appliquées aux miRNAs (étude des profils d’expression). La liste des 7 softwares présentés n’est pas exhaustive et en voici quelques uns supplémentaires à tester: « mireap », « miRTRAP », « DSAP », « mirena », « miRNAkey », « SeqBuster », « E-mir », … . Une comparaison de l’efficacité de certains de ces outils fera l’objet d’un prochain poste.

Prédiction de cibles selon les miRNA étudiés.

Analyse de pathways impliquant les miR d’intérêt. Pour cette dernière application, le soft DIANA LAB – Mirpath proposé, bien que facile d’utilisation et gratuit, a le défaut de ne s’appliquer qu’aux organismes « humain » et « souris ». Dans ce registre et moyennant quelques milliers d ‘euros, « Ingenuity Pathway Analysis » (« IPA ») reste de loin l’outil idéal. En effet, en plus d’identifier les voies métaboliques au sein desquels sont impliqués les miR modulés comme proposé par Mirpath, « IPA » permet également d’intégrer les résultats de modulation de miR et d’expression de gènes pour une même condition d’étude…

 

Tagged with:
 
Set your Twitter account name in your settings to use the TwitterBar Section.