Voici pour continuer sur les développements qui ont lieu sur la plateforme de séquençage de Ion Torrent, le PGM, une nouvelle note d’application qui ouvre de nouvelles perspectives dans le champ du séquençage haut-débit : le fait de pouvoir très bientôt séquencer des fragments de 400 bases dans les deux sens. Ainsi, le PGM de Ion Torrent sera la seule technologie capable de fournir sur des reads plutôt longs un séquençage paired end (sachant que le kit et protocole associé « mate paire » est d’ores et déjà disponible). Evidemment, ce développement vient contrecarrer une critique qui peut être portée sur cette plateforme de séquençage : sa « justesse » de séquençage sur séquences brutes générées à Q20 (une erreur générée pour 100 bases séquencées, qui dépasse en général Q50 sur séquence consensus, soit 1 erreur pour 100 000 bases), comparable cependant au taux d’erreur d’un 454 de chez Roche.
principe du sequençage "paired end" sur PGM de Ion Torrent
La note d’application, plutôt enthousiasmante, est très didactique (notamment pour évoquer les subtilités des différences entre séquençage piared end et mate pair) laisse entrevoir de grandes perspectives… seul bémol, le kit paired end ne serait disponible que dans le premier trimestre de 2012.
c.audebert
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