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Le réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille et le PPF bioinformatique vous convient à une conférence :
Mercredi 28 novembre 2012, 10h30-12h, Amphithéâtre de l’Institut de Biologie de Lille, 1, rue du Pr Calmette, LILLE.
Comment diversifier les données de séquençage à haut débit pour optimiser la bioinformatique ?
Les stratégies hybrides PacBio & Roche 454/Illumina HiSeq
– Dr Christophe Meynier et Sabrina Benoussaidh – GATC Biotech France & Belgique.
« Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) ont permis d’améliorer drastiquement la caractérisation des génomes avec la génération de séquence en haut débit et ce à faible coût. Malgré cela, l’assemblage d’un génome reste souvent problématique et diffère en fonction des technologies utilisées. En effet la qualité d’un assemblage de novo est influencée par différents facteurs inhérent à la structure intrinsèque du génome et en parallèle à la longueur des fragments, au nombre de séquences et à la qualité de ces dernières. La technologie PacBio RS fournit les plus longues séquences jamais obtenues (3500 bases en moyenne) ce qui simplifie et améliore la création de contigs.
Des études ont montré qu’en corrigeant les séquences générées par le PacBio RS avec des données issues de secondes générations de séquenceurs (Roche 454, HiSeq), nous optimisons alors les avantages de chacune de ces technologies (couverture, fiabilité des bases et longueurs des séquences). En diminuant le nombre de contigs tout en augmentant leurs tailles, les chercheurs ont désormais les outils pour obtenir des assemblages de génomes plus rapidement, à moindre coûts ou pour obtenir des informations sur des génomes partiellement séquencés jusque-là disponibles uniquement manuellement (via PCR ou marche sur l’ADN). Notre présentation montre des résultats d’assemblages obtenus avec différentes technologies, les compare et démontre l’intérêt d’association de technologies ensemble. En outre, nous discuterons également des technologies Illumina HiSeq 2000 et Roche 454 au travers d’applications spécifiques telles que le reséquençage de génomes entiers, le séquençage de transcriptomes (RNAseq) et le ChipSeq. »
Un rapide, très rapide post pour vous faire part de la mise à disposition des diapositives (au format pdf) projetées lors des présentations du séminaire : 1 an d’expériences sur le désormais célèbre séquenceur de paillasse le PGM de Ion Torrent (Life Tech).
Les diapositives sont disponibles en suivant le lien http://www.pegase-biosciences.com/?p=506
Jeudi 13 Septembre 2012 de 9h00 à 12h30 dans l’amphi Buttiaux de l’Institut Pasteur de Lille
Après plus d’un an d’utilisation du séquenceur Ion PGM ™ , la plateforme PEGASE-Biosciences organise une demi-journée de retour d’expérience afin de dresser un bilan des possibilités offertes par cette technologie et d’échanger sur les applications du séquençage à haut-débit.
Vous pouvez télécharger le flyer en suivant ce lien.
Agenda :
9h00 – 9h10 Mot d’accueil – Introduction.
9h10 – 9h30 Stéphane Jankowski (Life Technologies) : Technologie Ion Torrent ™
9h30 – 10h00 Valérie Leclère (Laboratoire ProBioGEM, Univ Lille1) : « Séquençage de génomes entiers pour caractériser de nouvelles souches de Bacillus ».
10h00 – 10h30 Magali Chabé (BDPEE, CIIL – Institut Pasteur de Lille) : « Etude du transcriptome de deux espèces de Pneumocystis par RNA-sequencing de novo ».
10h30 – 10h50 Pause café.
10h50 – 11h20 Christophe Audebert (Gènes Diffusion) & Ségolène Caboche (IFR142, Lille2) : « Le séquençage haut-débit appliqué à la caractérisation d’un agent infectieux : exemple du séquençage d’Escherichia coli à l’origine d’une infection alimentaire ».
11h20 – 11h50 Charles Hébert (Pathoquest) : « Détection et identification de micro-organismes dans le plasma humain par approche métagénomique ».
11h50 – 12h20 David Hot (TAG, CIIL – Institut Pasteur de Lille) : « Identification de nouveaux transcrits (small RNAs) et étude des départs de transcription chez Bordetella pertussis par ‘differential RNA-seq’ ».
12h20 – 12h30 Conclusion – modalités du concours PEGASE.
Pour célébrer la création de “PEGASE-Biosciences” entre le laboratoire de Transcriptomique et Génomique Appliquée de l’IPL et la société Gènes Diffusion, la plateforme organise un concours* vous permettant de gagner un séquençage Ion Torrent ™ sur puce 318 (~1Gb de séquences).
Les places étant limitées, nous vous remercions de vous inscrire par email à l’adresse suivante :
stephane.jankowski@lifetech.com ou admin@pegase-biosciences.com
*Les modalités de ce concours vous seront présentées lors de cette journée.
Lien vers l’annonce du séminaire sur : http://www.pegase-biosciences.com/?p=464
Vous pouvez confirmer votre participation en scannant le QR Code suivant :
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
