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Il convient tout d’abord de distinguer deux types de bioinformaticiens :

-Ceux qui sont intégrés dans une unité de recherche : ils sont souvent spécialisés sur une thématique ou même un projet précis : généralement isolés, non permanent, impliqués et informés des problématiques biologiques

-Ceux qui font partie d’une unité de bioinformatique : en émulation avec d’autres bioinformaticiens, moins précaires, plus loin des problématiques biologiques

 

Ce document se veut une  libre opinion sur la bonne intégration d’un, ou d’une équipe, de bioinformaticiens au sein d’un groupe de recherche et les clés pour la bonne réussite de celle-ci. Il est en grande partie inspiré de l’éditorial « On the organization of bioinformatics core services in biology-based research institutes » agrémenté de commentaires plus personnels.

Pour le bien-être interne et externe d’une plateforme de bioinformatique, il convient de :

-Bien séparer les tâches dîtes de prestation et les activités de recherches.

-Scinder les sujets traités par tâches bien définies : par exemple, support en développement et maintenance de base de données, analyse statistique de données haut-débit,   support pour le déploiement d’applications sur environnement HPC, analyse de donnée NGS…

-Mettre en place un  comité d’utilisateurs incluant des utilisateurs biologistes/bioanalystes chargés d’établir les priorités

-Mettre en place des outils pour suivre l’activité bionformatique de la façon la plus transparente possible

-Mettre en place au maximum des projets transversaux pour favoriser l’interface entre biologiste et bioinformaticiens, les interactions pluridisciplinaires sont les plus enrichissantes et souvent les plus productives. Comme toutes disciplines, la bioinformatique peut devenir endogame, particulièrement dans ou le cadre où l’on parle de bioinformatique  comme une science à part entière, et non comme un outil au service de problématiques biologiques : une équipe de bioinformatique peut très bien travailler sur des sujets « porteurs » (donc plus facile à financer) sans interagir, ou seulement sporadiquement, avec des biologistes pour valider le bien-fondé du travail. C’est une des dérives du système d’évaluation actuel, pour plus d’information, lire la libre opinion publiée dans ce blog : Chemins de traverses : la recherche d’excellence ou quand les mots perdent leur sens.

-Mettre en place des formations pour les biologistes : collaborer avec des personnes connaissant un minimum les problématiques bioinformatiques est plus efficace

-Dans le même esprit, nommer un bioinformaticien responsable pour le support utilisateurs pour assister les biologistes dans leurs tâches quotidiennes de bioanalyse est très utile pour entretenir de bonne relation avec les laboratoires de recherche

-Pour les bioinformaticiens intégrés dans une unité, il est primordial de trouver des structures permettant de rencontrer et de partager avec d’autres bioinformaticiens, à défaut, passer quelques heures par semaine à effectuer de la veille technologique peut être un palliatif.

Pour conclure, une équipe de bioinformaticiens doit communiquer un maximum avec leurs partenaires biologistes afin de favoriser une saine interaction, un bioinformaticien, seul, entourer de biologistes se doit de rester à la page, idéalement en partageant et en communiquant sur ces projets à d’autres bioinformaticiens.

 

L’œuvre d’art contemporain fait débat et pour le mener à bien il semble toujours possible d’exhumer Duchamp ou bien encore de profiter des écrits d’un Yves Michaud. Humblement, cet article est une évocation de ce qui peut être qualifié d’art, simplement parce qu’il en porte le nom : le bio art.

Commençons par ce qui n’est pas du bio-art… l’art qui imite la nature (ou l’inverse).

Il est parfois délicat de qualifier les courants et orientations de l’art contemporain, il ne faut pas se méprendre : un arbuste taillé (même par un Edouard aux mains d’argent lui-même créature bio artistique) en forme de dinosaure par exemple ne bénéficierait pas de l’appellation de bio art, sinon que dire de la période art nouveau où la végétation des boiseries et ferronneries domestiquées par Victore Horta s’invitait en douces volutes dans les escaliers des maisons des années 1900. Ces derniers exemples nous placent toujours sous la sentence d’Aristote : l’art imite la nature.

Des artistes exploitent le vivant comme médium artistique mais plutôt dans un but contemplatif et du laisser faire, tel Michel Blazy et ses fameuses sculptures pourrissantes qui ont ravi ou dégoûté le public du palais de Tokyo en 2007.

Une des modalités du bio art consiste à exploiter les moyens analytiques scientifiques pour les ériger en œuvre d’art à part entière, en œuvres porteuses de sens, une forme de rencontre entre le numérique et l’organique. Jean Claude Ameisen avec une mise en parallèle d’une image tridimensionnelle d’un kyste de Pneumocystis carinii et du portrait tourmenté de Francis Bacon, nous propose une lecture ironique et lyrique en inversant les termes du dogme aristotélicien que l’art contemporain cherche à dépasser (ici la nature imite l’art).

Qu’est ce que le bio art…? Un art qui joue des oxymores en inventant une nature synthétique …

Le bio art (ou art biotech) est une forme de l’art contemporain qui modifie les processus de vie. Cette forme d’art utilise trois modalités possibles :

Le bio art cherche en grande partie à en créer une nouvelle (nature), telle un Monsanto de salon dirait ses détracteurs. L’art réalise la nature par l’intervention non divine de la science.

1) amener de la biomatière à des formes inertes ou à des comportements spécifiques. Beaucoup d’artistes travaillent sur la frontière entre naturel et artificiel, comme le mobile perpétuel à base photosynthétique d’Amy Franceschini et Michael Swaine.

2) détourner des outils et des processus biotechnologiques pour en réaliser une œuvre en soi (ou à soi…), ce point sera plus particulièrement abordé puisqu’il a trouvé une application commerciale.

3) inventer ou transformer des organismes vivants  sans réels objectifs scientifiques ou industriels.  Ainsi, Joe Davis, un artiste américain notamment affilié au MIT a encodé des textes en prenant les quatre bases A, T, G, C de l’ADN pour  réimplanter ceci dans des organismes vivants. Il a encodé par exemple un fragment génétique codant une phrase d’Héraclite –  » Le dieu dont l’oracle est à Delphes ne révèle pas, ne cache pas mais il signifie   » dans le gène d’une drosophile (gène responsable de la vue chez cette mouche, cette modification n’altère pas le phénotype de l’animal).

Cette dernière approche de transformation du vivant est la plus radicale et a pour objectif déclaré de susciter un débat que la bio-éthique mène depuis les années 60.

 

Une œuvre marquante, troublante et génétiquement gênante a été réalisée par Eduardo Kac avec son projet de lapine transgénique, vert fluorescente appelée « Alba« , ce projet a pu être mené à bien par des techniques transgéniques utilisées dans l’art. Ce lagomorphe chimérique rendu fluorescent grâce à un gène de méduse devait provoquer un débat sur le statut des animaux transgéniques (de la transgression à la transgénèse, en somme…)

Quelques groupes ont émergé pour pousser l’investigation bio-artistique. Parmi quelques groupes de recherche institutionnels, deux d’entre eux  symbiotica et bioteknica, réciproquement rattachés à l’université de Western Australia et à l’université de Québec à Montréal, proposent un grand nombre d’expositions et d’ouvrages plutôt bien accueillis par la communauté scientifique. Outre des biologistes et des plasticiens ce type de structures accueille des philosophes, sociologues et anthropologues afin de permettre l’analyse des interactions entre les biotechnologies et la société, entre l’art et la biologie, l’Homme et son environnement…

L’innovation et la recherche du spectaculaire qui a aussi cours dans le monde des sciences et notamment dans le monde de biologie cellulaire et moléculaire (dont rappelons le, grand nombre de techniques cherchent à montrer de manière indirecte ce qui demeure invisible) devient un médium que le bio art exploite pour des fins tant esthétiques qu’égotistiques. En effet, au carrefour entre le bio art, la biologie moléculaire et Ikea, ont fleuri des marchants d’œuvre d’art relativement bon marché proposant votre propre emprunte ADN (détournant ainsi les techniques de « fingerprinting » moléculaire) imprimée qui deviendra ornement d’intérieur, un vernis commercial transformant le bio art en « ego art ».

Ainsi se sont développées sur internet des sociétés (telle que la société DNA 11, par exemple) proposant de mettre en œuvre ce type de techniques qui désertent les laboratoires pour se banaliser dans un champ d’application inattendu.

 

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