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Un document qui n’est pas sans rappeler celui publié en novembre 2011, en intégrant les dernières mises à jour.
Cet arbre de décision est l’occasion de retrouver l’ensemble des modalités de séquençage qu’offre la technologie Ion Torrent via le PGM. En attendant l’arrivée du kit permettant de séquencer 400b, l’essentiel des modifications résident dans la préparation des échantillons avec notamment de nouvelles indexations (évolution du kit à 96 barcodes en DNA-seq et apparition du kit à 16 barcodes en RNA-seq), un élargissement du panel de primers dédiés à la recherche sur le cancer, etc…
Pour les privilégiées de la Ion Community, ce document est également l’occasion de retrouver aisément la liste des protocoles Ion Torrent selon l’ application d’intérêt en cliquant sur le lien en bas de page.
Le bien beau document que voilà ! Se repérer dans toutes les options de préparation des échantillons à séquencer, options qui sont fonctions de l’origine et de l’application que l’on souhaite mettre en oeuvre par l’intermédiaire du séquençage, peut être un réel casse-tête que ce document souhaite simplifier ici.
Cet arbre de décision s’étoffera très rapidement : d’autres branches pousseront avec les protocoles « mate pair » & « paired end », les nouvelles indexations… et surtout l’arrivée du kit permettant de séquencer 400 b… Peut être que les branches portant les options 100 b seront, quant à elles, pour l’occasion élaguées.
Ce document, et beaucoup d’autres, est disponible sur le site de la communauté Ion Torrent.
Qui sommes nous?
Christophe Audebert [@]
En charge de la plateforme génomique
du département recherche et développement
de la société Gènes Diffusion .
Renaud Blervaque [@]
Biologiste moléculaire, chargé d'études génomiques.
Gaël Even [@]
Responsable bioinformatique au sein
du département recherche et développement de la société Gènes Diffusion.
