Résultat de recherche d'images pour "london calling nanopore"Le London Calling a été l’occasion pour Oxford Nanopore Technologies (ONT) de frimer un peu avec des annonces et une gamme de séquenceurs ciblant des marchés très différents. Cette technologie de rupture risque d’être un tsunami technologique pour finir par déferler dans nos vies, car avec un séquenceur qui tient dans la poche et se connecte à un smartphone, ce qui était hier science fiction devient réalité.

ONT a fourni, en ce début de mois de mai 2017, informations concernant les développements technologiques et les perspectives de commercialisation. L’une d’elles, concerne une nouvelle « flow cell » pour MinIon, appelée Flongle (Flow Cell Dongle) pour les applications de diagnostics cliniques. Le développement du Flongle aidera également le travail de l’entreprise sur SmidgION, un séquenceur miniature avec de petites flow cells alimentées par un téléphone mobile (voir la photo ci-dessous).

Clive Brown, responsable technologique d’ONT, a donc présenté diverses mises à jour lors du « London Calling 2017 », le grand barnum des utilisateurs de la technologie, en ce début de mois de mai. En ce qui concerne le séquenceur MinION, Brown a déclaré que la technologie est d’ores et déjà capable de délivrer plus de 20 Gb de données par run de 48 h. (Actuellement, les utilisateurs sont plus autour des 15 Gb, ce rendement plus limité serait partiellement lié à la préparation de la bibliothèque, en particulier la quantification appropriée de la taille et de la quantité d’ADN de départ, selon Brown).

En mars, la société avait parlé d’une nouvelle méthode de séquençage, appelée séquençage 1D2, où les deux brins d’une librairie bicaténaire sont poussés par nanopore séquentiellement sans être physiquement connectés. La méthode contourne un brevet détenu par Pacific Biosciences et aboutit à des lectures plus précises que la seule lecture 1D, où seul un brin de la librairie constituée est séquencé. ONT prévoit de publier le kit de séquençage 1D2 courant mois de mai 2017, ainsi qu’une nouvelle chimie appelée R9.5. Les kits 2D ne sont plus disponibles et l’entreprise vient juste d’interrompre les anciennes cellules R9.4.

Dans l’ensemble, la précision de lecture brute est maintenant supérieure à 90 % pour la chimie R9.4 et supérieure à 95 % pour la  R9.5 (en mode 1D2), ces deux chimies tournant à 450 bases / min.

prix_flow_cell

Ci-dessus, les prix actuels de la chimie 9.5. Là où l’on constate que le prix décroit drastiquement avec la quantité commandée… je pense qu’une mutualisation ou la création d’une centrale d’achats s’imposent ! Avec cette nouvelle chimie,ONT a diffusé une nouvelle version, la 1.6, de son logiciel MinKnow ainsi que de son basecaller Albacore (maintenant en 1.1). En outre, ONT a récemment commercialisé des kits de séquençage direct d’ARN et diffusé un pipeline pour réaliser le profil de résistance aux antibiotiques appelé ARMA (an analysis workflow for identification of antibiotic-resistant microorganisms in real time). À partir d’août, la société prévoit d’envoyer des flow cells à la température ambiante, des développements sont en cours pour allonger leur date limite d’exploitation (aujourd’hui une flow cell reçue doit être utilisée sous 8 semaines).  Toujours visant le marché de l’utra-portabilité, en visant la décentralisation de l’acte de séquençage, ONT développe également un petit module de calcul pour le basecalling qui ferait environ la moitié de la taille du séquenceur MinION et pouvant y être directement connecté. Sur ce volet de la portabilité, le dispositif de préparation d’échantillons, VolTrax (voir vidéo ci-dessous), d’Oxford Nanopore est maintenant entre les mains de plus de 50 utilisateurs qui ont récemment reçu leurs premiers kits. La société développe actuellement un kit à base de transposase rapide et un kit d’indexation 4-plex rapide.

voltrax

Les chercheurs de l’entreprise travaillent déjà sur une nouvelle version, VolTrax V2, qui devrait être disponible à la fin de 2017. Cette version permettra la PCR, la quantification des échantillons et le contrôle de la qualité des échantillons, tout en utilisant les mêmes aimants et appareils de chauffage que la version actuelle. Il sera également capable de gérer plus d’échantillons et d’exécuter des protocoles de préparation d’échantillons plus complexes. Il sera livré avec un chargeur de réactif avec des réactifs lyophilisés (lyophilisés, c’est mieux, parce que le séquenceur qui tient dans la main c’est bien, mais s’il vous faut un congélateur pour réaliser, sur le terrain, la moindre réaction…)

En mars, Oxford Nanopore a annoncé le lancement du GridIon X5, un séquenceur nanopore de bureau (et non plus de poche comme le MinION) pouvant permettre de travailler jusqu’à 5 flow cells à la fois et disposera d’un débit de 100 Gb par run de 48 heures. La plate-forme est livrée avec un cluster local de calcul haute performance qui permet le basecalling en temps réel ainsi que l’analyse des données. La première unité a été expédiée en début de semaine (en atteste la photo ci-dessous)

La société a récemment utilisé le GridIon pour séquencer un génome humain à 20 X, en utilisant 5 flow cells et la chimie R9.4 (en mode 1D).

Le GridION X5 permet d’exécuter simultanément ou individuellement jusqu’à cinq expériences; Les utilisateurs peuvent choisir d’utiliser tout ou partie de cette ressource à tout moment. La version actuelle de la chimie et du logiciel permet de générer jusqu’à 100 Gb de données pendant une exécution GridION X5 et le module de calcul peut analyser ces données en temps réel.

En utilisant la même technologie de base que le MinION et PromethION, le GridION X5 offre la possibilité de séquencer ADN et ARN en temps réel (dans la vidéo ci-dessous Clive Brown se transforme en Pipetman pour la promotion du GridION) :

GridION pricing

gridion

Oxford Nanopore devait envoyer il y a peu les premiers consommables pour PromethION permettant de délivrer 50 Gb et pourraient en générer jusqu’à 120 Gb /jour dans un futur proche. En vitesse de croisière cette configuration sera capable de générer plus de données que le NovaSeq d’Illumina. Du lourd, du gros et du très petit : de quoi satisfaire les plateformes de séquençages et bientôt certainement des utilisateurs non touchés actuellement par la technologie aujourd’hui, puisque la version ci-dessous permet de préparer une librairie et de la séquencer avec quelques breloques qui tiennent dans le creux d’une main !

La quête du read de 1 Mb : F1000Researchblog

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French plan to create super-campus in disarrayDans sa lettre d’opinion du 8 mai 2017, Declan Butler, journaliste à Nature, relaie le soulagement des scientifiques français qui se félicitent d’avoir échappé à une vague populiste synonyme de renfermement du pays. Rappelons qu’un grand nombre de scientifiques avaient appelé à voter contre Marine Le Pen, engagement plutôt rare, devoir de réserve oblige.

Il faut dire que notre élection présidentielle arrivait dans un contexte très particulier, après le Brexit, après l’élection de Donald Trump, le tout sur une montée internationale des populistes et d’un euroscepticisme confinant souvent à l’europhobie caractérisée.

Après l’arrivée de Donald Trump, dans le bureau ovale, les scientifiques américains ont observé, avec désolation les coupes de 5,8 milliards $ du NIH (18 % de baisse par rapport au budget de 2017) pendant que le budget de la défense gonflait plus encore. Même si le Congrès aura son mot à dire et pondérera certainement les fougues anti-sciences du locataire de la maison blanche, le signal était fort d’un Trump vs Science, Trump n’aime pas la science et cette dernière le lui rend bien.

L’élection du 45ème président américain a engendré un mouvement March For Science que nous avons traduit en France par la « Marche pour la Science… » Il s’agissait d’aller vite, puisque beaucoup de scientifiques ont été touchés par la distorsion du réel et de la vérité, conséquence de tweets intempestifs d’un président nouvellement élu.  Robert N. Proctor, historien des sciences à l’Université de Stanford, a déclaré que le March for Science était « sans précédent en termes d’échelle et d’ampleur au niveau de la communauté scientifique impliquée » [cette mobilisation s’est implantée dans] « une perception plus large d’une attaque massive contre les notions de vérité qui sont sacrées pour la communauté scientifique ».

Cette marche-là n’aura suscité que peu d’intérêt et de relais médiatique dans une France en voie d’élire son président. Les deux éléments à la racine de la mobilisation mondiale en faveur de la recherche scientifique ont eu comme épicentre:

  • Le dénigrement de Donald qui traite de « fake news » tout fait scientifique allant contre des intérêts privés, économiques. Ainsi, il annonce la relance de l’industrie carbonée en traitant de mensonger tout argumentaire scientifique démontrant que la Terre se réchauffe du fait de l’activité humaine.
  • La concrétisation de son projet de déshabiller la recherche (avec elle la santé et l’éducation) pour habiller l’armée… une caricature qui subit très bien l’épreuve des faits.

Le pouvoir de la vérité, contre la vérité du pouvoir…

Ce contexte permet de comprendre cette lettre de Nature expliquant que les scientifiques français se sont sentis soulagés, même s’ils n’ont pas eu réellement peur d’une arrivée à la tête du pouvoir exécutif d’un Trump français. Ils anticipent plus sur le résultat des élections législatives. En effet, derrière le soulagement, il y a cette peur que les valeurs de progrès, d’humanisme puissent être fragiles, en démocratie, face à la montée du populisme.

Vous pourrez accéder à la lettre, du 08 Mai 2017, en usant de votre souris ci-dessous :

Scientists relieved by Emmanuel Macron’s French election victory

Nous sommes soulagés, certains un peu plus arguant, certainement à juste titre, qu’Emmanuel Macron est un fervent promoteur de l’innovation. Au-delà de ce soulagement, la lettre de Nature conclut par une touche d’espoir et de fierté : « la victoire de Macron fournit de l’espoir, disent les scientifiques. « Avec tout ce que nous avons vu dans le monde récemment, depuis l’élection de Trump, jusqu’au Brexit et la montée de l’extrémisme en Europe, pour la première fois, nous avons un fort mouvement opposé à cela », explique Édouard Brézin, physicien émérite à la École Normale Supérieure à Paris et ancien président du CNRS. « Je suis heureux que ce mouvement vienne de la France… »« 

 

Image associéeJens Harder, avec ce premier tome, Alpha… directions, propose un patchwork iconographique en bichromie supportant des visions des origines de l’Univers, de la Terre et de la Vie sur cette dernière. L’originalité de son approche iconophile, réside dans la ré-allocation de notre corpus humain artistique et scientifique sur fond d’Histoire Universelle. Son parti pris consiste à faire graviter toute chose autour de la place de l’Homme dans l’Univers. Un anthropomorphisme assumé qui tient justement au fait que c’est la convocation d’œuvres humaines invitant Magritte, Albrecht Dürer, la célèbre photographie de Watson et Crick (celle qui entérine l’oubli de Rosalind Franklin qui a eu le mauvais goût de décéder avant l’obtention du Prix Nobel…), Hokusai, Jurassic Park, Goya, Georges Méliès, les religions mono et polythéistes, les hiéroglyphes, des objets de sciences à figurer comme autant de totems pour nous guider ou nous laisser aller à nos divagations sur la recherche des origines.

Ce parti pris peut être critiquable du point de vue scientifique. L’angle scientifique n’est certainement pas le bon pour entrer dans cette œuvre extrêmement graphique et légère en mots, bien que ceux-ci soient judicieusement choisis. Ceci permet d’ailleurs de dire que l’objet que constitue ce livre tient plus de l’essai graphique caméléon à la fois scientifique, métaphysique (on pourrait oser pataphysique), ésotérique que de la bande dessinée faisant œuvre de vulgarisation ou de pédagogie. On est assez loin d’Il était une fois… la Vie! Quoi qu’il en soit, c’est ce parti pris, l’absence d’explications linéaires et souvent lénifiantes remplacées par la présence de ces vignettes, de ces images qui hantent notre culture humaine qui font que l’entreprise m’apparaît réussie. Evidemment, au passage, tout à chacun apprendra des éléments que l’on peut qualifier de scientifiques sur la cosmogonie par exemple.

 » Comme Alice, le lecteur voyage dans mes images. Cela n’a rien de scientifique. » assénait Harder en février 2014, comme s’il voulait garder son indépendance artistique face à l’Histoire, la Science qui proposent des théories pouvant être contradictoires, datées… Etre Alice, consiste ici à passer sans transition de réalité à fiction, de rêve à réalité.

Les juxtapositions graphiques sont  une invitation à prendre un trajet oblique, à la réflexion. Finalement le lecteur entre et divague plus qu’il ne comprend, il flâne dans une machine à voyager dans le temps devenue folle. Pour entrer dans cette œuvre, il faut savoir oublier son étiquette pour se laisser aller à un voyage, cet abandon promet un voyage goûtu et saugrenu dès lors que l’on adhère au style graphique d’Harder.

Cofondateur du collectif d’artiste Monogatari en 1999, Jens Harder se distingue par des œuvres ambitieuses, souvent avares en mots, mêlant cosmologie et histoire de l’humanité. Il a obtenu les Prix Max et Moritz de la meilleure bande dessinée allemande en 2004 et 2010 et le Prix de l’audace du festival d’Angoulême 2010. Ses œuvres sont publiées en français par les Éditions Actes Sud – l’An 2.

Jens Harder  s’attache à interpréter 14 milliards d’années, en à peine plus de 350 pages. Alpha…directions tente de montrer les débuts de l’univers, depuis le Big Bang jusqu’à l’apparition des premiers hominidés. Alpha…directions est le premier livre d’une trilogie en quatre volumes (et oui ! c’est amusant les triptyques en quatre parties) composant Le Grand Récit.

Ci-dessous, la couverture : peut-être la partie la moins bien interprétée du récital…

Alpha_couv

A chaque ère son code couleur… : (ci-dessous) Michael Ange et l’évocation biblique de la création peuvent côtoyer Magritte, les pas de l’Homme sur le satellite de sa planète, et une vignette tout droit sortie du traité d’alchimie Aurora consurgens… Ce traité d’alchimie est considéré comme l’expression visuelle du mythe de la Renaissance avec la redécouverte du savoir antique. Ce traité intègre  37 aquarelles miniatures comme autant de vignettes  ayant pour intention, la transmission de ce savoir, perçu comme d’origine divine, sous forme de pictogrammes hiéroglyphiques. Cette démarche graphique permet d’échapper aux déformations de l’interprétation humaine et verbale. C’est peut-être la référence qui permet de toucher l’intention de Jens Harder: le graphisme pour s’affranchir du langage verbal.

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(ci-dessous) là encore, une icône : Dolly, associée à la fantasmagorie que porte la découverte de l’ADN support de l’hérédité, porteur des cicatrices de l’évolution et joujou pour biotechniciens.

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(ci-dessous) De l’ADN dans une cellule de paléobactéries… l’adaptation permise par la loterie des mutations provoquant des avantages sélectifs. Les heureux gagnants verront leur patrimoine génétique évoluer, les autres deviendront des culs-de-sac de l’évolution. En fonction des grandes ères, la vie se répand, disparaît quasiment, repart de plus belle… le saut dans les ères comme si vous aviez pris les montagnes russes de la diversité biologique.

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Bien évidemment l’ombre du grand Charles (Darwin, pas celui que tout bon candidat à une élection présidentielle française invoque), plane sur l’ouvrage, comme un point (ou un doigt) d’honneur face à l’opposition néo-obscurantiste cherchant à faire oublier que l’Homme est à la fois animal, poète, peintre, puissant et misérable…

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« La culture… ce qui a fait de l’homme autre chose qu’un accident de l’univers. »
André Malraux

 

ALPHA… DIRECTIONS
par Jens Harder

Traduit de l’allemand par Stéphanie Lux
352 pages en bichromie – format 19,5 x 30,5 cm
Pour adolescents et adultes
ISBN : 978-2-7427-8102-7

PVP : 39,50 €

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DNA_quality

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Résultat de recherche d'images pour "alphabet health baseline"Un slogan, une baseline : « nous avons cartographié le monde, maintenant cartographions la santé humaine » annonce la volonté de Google de persévérer dans le domaine de la santé humaine. C’est ainsi qu’Alphabet le conglomérat appartenant à et détenant Google tout à la fois, propose de constituer une cohorte humaine phénotypiquement caractérisée le plus finement possible : Verily (anciennement Google Life Sciences) une filiale d’Alphabet spécialisée dans la santé, a annoncé mercredi 19 avril qu’elle souhaitait recruter 10 000 volontaires pour son projet Baseline, annoncé en 2014 et déjà testé sur une centaine de volontaires. S’adjoignant des chercheurs du monde académique avec la participation de l’université de Duke (Caroline du Nord) et de l’université Stanford, Google vise à collecter des données de santé très précises sur ces personnes pendant plusieurs années. Assurément le nombre de personnes visées est pour l’instant moindre que la célèbre cohorte Nurses’ Health Study débutée en 1976 et dénombrant 280.000 participants, l’innovation consiste en la qualité des données collectées par l’intermédiaire de capteurs connectés. Les études épidémiologiques faisant intervenir des cohortes ne sont certes pas nouvelles, elles sont un outil formidable, grandes pourvoyeuses de résultats scientifiques valorisables (la célèbre cohorte de Framingham enregistre plusieurs centaines de publications). Dans le cas précis du projet Baseline, ce qui est nouveau est la promotion de ce type d’approche par et pour aussi un peu, une entité privée. Google, enfin Alphabet, peu importe finalement, est un conglomérat qui possède notamment la société de biotechnologie Calico, et qui a des liens capitalistiques avec 23andMe et possède donc encore Verily dont certains projets consistent en :

  • des lentilles de contact permettant de contrôler le niveau de glucose chez les personnes diabétiques
  • des cuillères pour les personnes ayant des tremblements, par exemple atteintes de la maladie de Parkinson (projet Liftware)
  • une plateforme permettant la détection de maladie par l’intermédiaire de nanoparticules
  • un bracelet connecté permettant de suivre des paramètres liés à la santé

Certains de ces objets connectés auront une exposition majeure du fait de leur positionnement central dans la cohorte de Baseline. Ainsi une montre, au design contestable, complétera la panoplie de capteurs associée au projet. Le fameux capteur d’activités nocturnes qui se faufile jusque sous la couette peut laisser perplexe… Ces objets connectés, pourvoyeurs de données, de beaucoup de données, nécessiteront les méthodologies que Google s’attache à développer pour traiter de façon automatisée et optimale la manne visée par la cohorte Baseline ! En outre, ces objets trouveront un écho, à n’en pas douter, auprès de futurs consommateurs bien au-delà des personnes constituant la cohorte initiale. En effet, les modèles établis sur les personnes, population référente constitutive de la cohorte (pour lesquelles sont à disposition l’intégralité des données phénotypiques) pourront être appliqués à de futures personnes dotées de la batterie de capteurs mais n’ayant pour autant pas été caractérisées finement. La cohorte servirait à établir un modèle, modèle qui serait appliqué à de futurs utilisateurs des solutions connectées proposées par Google. Ainsi des prédictions de l’état de santé et pourquoi pas la mise en place d’un système d’alerte… pouvant aller jusqu’à signifier la nécessité de consulter pourraient trouver une application commerciale.

Project-Basline

capteurs_google

L’objectif qu’Alphabet revendique est de cartographier la santé humaine, cet objectif passe par la création d’une immense base de données avec la santé pour finalité, permettant, grâce aux nouvelles technologies, d’«explorer la santé en profondeur». Après anonymisation comme garantie de sécurité des données, cette base de données est destinée à être transmise à des chercheurs. Pour recruter ses volontaires et les inciter à rejoindre le projet (la stratégie de recrutement peut laisser entrevoir d’ailleurs quelques biais de recrutement), Verily assure qu’il s’agit d’une manière « de participer à la création de cette carte de la santé humaine, et de laisser durablement une trace», en contribuant à son échelle à la recherche médicale. Ces futurs participants pourront partager leurs données avec leur médecin. Verily cherche des personnes nord-américaines, en bonne santé qui seront suivies et invitées à subir, pendant deux jours, chaque année, une batterie de tests médicaux. Ces bilans médicaux accompagnés des données des bio-capteurs dont ils seront dotés seront agrégés sous forme de « Big Data », matière première dont Google et ses méthodologies sont devenus experts

Plusieurs questions peuvent être soulevées :

  • est ce que Google, entreprise commerciale, finira par monétiser ces données comme matière première à une recherche scientifique ?
  • est ce que la stratégie de Google ne serait pas multiple : (i) faire la promotion de ces outils d’analyses sur une matière première (dont Google serait propriétaire) tout en (ii) faisant la promotion de ces objets connectés, surfant sur un marché de la e-santé, marché en pleine expansion, tout en (iii) rentabilisant son investissement pour « partager » ses données recrutées moyennant des contreparties soumises au secret ?

Par le passé, Google Health est – était- un service Internet d’archivage de dossiers médicaux pour les internautes américains, mis en place par Google en mars 2008. L’avantage reste celui de laisser le pouvoir aux pharmaciens américains de mettre à jour automatiquement les traitements ou encore de trouver un spécialiste pour traiter des maladies adaptées. Google fermera ce service le 1er janvier 2012, faute d’un nombre insuffisant d’utilisateurs. La volonté de Google de développer une offre trouvant des applications en santé, médecine de précision, auxiliaire personnel de santé  n’est donc pas nouvelle. Aujourd’hui, dans un contexte américain où les fonds publics alloués à la recherche médicale se tarissent (lire l’article de Nature sur la coupe budgétaire sans précédents de Donald Trump), le temps des partenariats public/privé est peut être venu. Dans ce contexte, même si la démarche de Google est nappée de marketing, des projets tels que Baseline pourraient être favorablement accueillis par la communauté scientifique.

Résultat de recherche d'images pour "baseline project google"

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Les candidats, au sujet de la recherche scientifique, peuvent paraître aphones durant cette campagne, le sujet n’étant pas un point central des débats. Pour corriger cela, l’AEF, l’agence d’informations spécialisées, propose un comparateur de programmes permettant de mettre en évidence les points d’achoppement et divergence des principaux candidats à la présidentielle de 2017.

http://www.aef.info/modules/comparateur/5

présidentielle2017

 

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Le choix d’une méthode analytique confortable, fiable, adaptée au profil de données (avec un peu ou beaucoup d’erreurs liées à la technologie de séquençage utilisée), à votre degré d’expertise, est souvent un casse-tête et un dédale qui occupent certains partenaires d’un projet nécessitant le recours à une analyse métagénomique ciblée. D’autres encore décident de ne pas décider, de ne pas se lancer dans le labyrinthe et votent ainsi pour une solution tout-terrain, sorte de martingale génomique, proposée par des prestataires de services.

Cet article de Plos One : Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics  tente – ayant un conflit d’intérêt majeur, je n’en ferai pas la critique – d’identifier les grandes approches algorithmiques disponibles. Quels sont les paramètres influençant la qualité des résultats ?

journal.pone.0169563.g001

Ce travail a permis de fournir un canevas généralisable permettant d’évaluer un pipeline analytique et d’observer dans quelle mesure ce dernier influe sur la qualité des résultats. Concernant le protocole mis en place ainsi que d’autres ressources nécessaires (jeu de données simulées, réelles etc.) vous pourrez consulter la page dédiée à ce travail sur le site de PEGASE-biosciences.

Un petit tableau synoptique permet de synthétiser les caractéristiques principales des pipelines évalués dans l’article.

journal.pone.0169563.g010

 

Bien évidemment cette infographie vue d’ici vous parait assez peu lisible. Après avoir cliqué dessus, vous pourrez vous apercevoir qu’elle permet de s’y retrouver dans la jungle de ces molécules aux noms tous plus baroques… Classe of antibio-original

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micro

Pour célébrer cela comme il se doit, voici une photographie obtenue suite à l’observation par microscopie électronique d’un brin d’herbe… (photographie : EM Lab).

 

Photo du profil de Oxford Nanopore Technologies LtdLe 12 décembre 2016, Oxford Nanopore a annoncé avoir levé 126 Mega USD en s’appuyant largement sur un fond d’investissement chinois. La société, spécialisée dans le séquençage de 3ème génération est aujourd’hui valorisée à hauteur de 1,25 milliard de livres. Cette technologie qui s’est laissée désirer serait elle sur le point de révolutionner les applications du séquençage haut-débit ?

En effet, la promesse de décentralisation du séquençage portée par le MinION est séduisante (un séquenceur légèrement plus grand qu’une clé usb a permis de séquencer Ebola en Guinée). Evidemment, à grand renfort de communication dont nous nous faisons d’ailleurs souvent écho, Oxford Nanopore Technologies (ONT) entretient le désir pour créer une attente motivant les levées de fonds, ces mêmes fonds qui permettront de développer les forces de ventes nécessaires au déploiement de la technologie. ONT affiche d’ores et déjà une centaine de publications scientifiques. Pour répondre à l’épineuse question « est ce que ONT est une technologie de rupture (disruptive innovation)? », on fait appel au modèle de Clayton Christensen.model de christensen

Christensen a développé sa théorie en s’intéressant à plusieurs industries et notamment au secteur de la santé. Selon lui, l’innovation de rupture est un agent de transformation d’une industrie, et elle repose sur trois leviers :

  • Un développement de la technologie et du savoir en général du domaine qui deviennent de plus en plus accessibles
  • De nouveaux modèles économiques
  • Un nouveau réseau de valeur

Ainsi que tente de le montrer le graphe ci-dessus, au départ, une innovation en rupture est moins performante que ce qui peut exister sur le marché. Ceci est vrai jusqu’à ce qu’elle progresse pour, au final, redéfinir le marché (l’exemple de l’appareil photo numérique est pas si mauvais puisque l’on comprend qu’il fait sonner le glas de la pellicule argentique aujourd’hui devenu un marché de niche).

Selon beaucoup d’observateurs, le marché du séquençage va être profondément changé par l’amélioration de la technologie que propose ONT. Ainsi tel que le prévoit le modèle de Christensen, ONT va toucher des « consommateurs » qui n’ont aujourd’hui même pas connaissance du principe même du séquençage haut-débit. Pensons qu’aujourd’hui des botanistes échantillonnent à l’aide du MinION, des espèces végétales en Amazonie pour les séquencer afin de formellement identifier de nouvelles espèces.

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Donc au départ une technologie disruptive possède des performances dégradées par rapport à la concurrence… puis les améliorations successives permettent d’amorcer un franchissement exponentiel des lignes (rouges sur le schéma ci-dessus). Ces lignes sont liées aux applications, elles-mêmes fonction des performances attendues par les divers segments de marché.

Le 17 Octobre 2016 avec l’arrivée de la chimie 9.4 qui délivre ~ 10 Gb de débit avec une précision de 92% sur lecture 1D, et une précision de 99% + chez (certains) clients sur les lectures 2D (97% Sur leur site Web), il semble qu’ONT ait amorcé son exponentielle ascension. Ces améliorations remarquables de performance (accroissement du débit par un facteur de 40 au cours des 2 dernières années) ont permis à la technologie d’atteindre un point d’inflexion et peuvent maintenant satisfaire les attentes liées aux applications « bas de gamme » (les maladies infectieuses, l’analyse de microbiome, l’assemblage de novo, l’assemblage de petit génomes, et même les applications cliniques à moyen terme). Au 30 septembre 2016, la société dénombrait environ 3 000 unités sur le terrain pour plus de 2 200 clients. Sur la base des développements au cours des 2 derniers mois, nous prévoyons que ce nombre augmentera rapidement en 2017, car la société et la technologie (PromethION – environ une douzaine ont été expédiés à ce jour) continueront sur leur lancée.

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