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Jeudi 13 Septembre 2012 de 9h00 à 12h30 dans l’amphi Buttiaux de l’Institut Pasteur de Lille

Après plus d’un an d’utilisation du séquenceur Ion PGM ™ , la plateforme PEGASE-Biosciences organise une demi-journée de retour d’expérience afin de dresser un bilan des possibilités offertes par cette technologie et d’échanger sur les applications du séquençage à haut-débit.

Vous pouvez télécharger le flyer en suivant ce lien.

Agenda :

9h00 – 9h10 Mot d’accueil – Introduction.

9h10 – 9h30 Stéphane Jankowski (Life Technologies) : Technologie Ion Torrent ™

9h30 – 10h00 Valérie Leclère (Laboratoire ProBioGEM, Univ Lille1) : « Séquençage de génomes entiers pour caractériser de nouvelles souches de Bacillus ».

10h00 – 10h30 Magali Chabé (BDPEE, CIIL – Institut Pasteur de Lille) : « Etude du transcriptome de deux espèces de Pneumocystis par RNA-sequencing de novo ».

10h30 – 10h50 Pause café.

10h50 – 11h20 Christophe Audebert (Gènes Diffusion) & Ségolène Caboche (IFR142, Lille2) : « Le séquençage haut-débit appliqué à la caractérisation d’un agent infectieux : exemple du séquençage d’Escherichia coli à l’origine d’une infection alimentaire ».

11h20 – 11h50 Charles Hébert (Pathoquest) : « Détection et identification de micro-organismes dans le plasma humain par approche métagénomique ».

11h50 – 12h20 David Hot (TAG, CIIL – Institut Pasteur de Lille) : « Identification de nouveaux transcrits (small RNAs) et étude des départs de transcription chez Bordetella pertussis par ‘differential RNA-seq’ ».

12h20 – 12h30 Conclusion – modalités du concours PEGASE.

Pour célébrer la création de “PEGASE-Biosciences” entre le laboratoire de Transcriptomique et Génomique Appliquée de l’IPL et la société Gènes Diffusion, la plateforme organise un concours* vous permettant de gagner un séquençage Ion Torrent ™ sur puce 318 (~1Gb de séquences).

Les places étant limitées, nous vous remercions de vous inscrire par email à l’adresse suivante :
stephane.jankowski@lifetech.com ou admin@pegase-biosciences.com

*Les modalités de ce concours vous seront présentées lors de cette journée.

Lien vers l’annonce du séminaire sur  : http://www.pegase-biosciences.com/?p=464

Vous pouvez confirmer votre participation en scannant le QR Code suivant :

 

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Vous aurez noté que le tour de France de Galaxy ne visite qu’un axe Perpignan-Lyon-Paris  -loin de faire le tour de notre hexagone- on peut se réjouir de ce type d’initiatives. Galaxy en tournée un évènement dont vous trouverez quelques détails dans la suite de ce petit article…

Lors de la visite de trois villes françaises des ateliers seront tenus à Perpignan, Lyon et Paris. L’inscription est gratuite, mais l’espace est limité et l’inscription pour chaque atelier sera arrêtée dès que les salles accueillant la tournée de Galaxy seront bondées.

Le programme est disponible en suivant le lien ci-dessous :

http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GalaxyTourDeFrance2012

28 mai: Perpignan

30 Mai: Lyon

1 juin: Institut Curie Amphithéatre Constant Burg, 12 rue Lhomond, 75005 Paris, France

Galaxy pour les biologistes :

9:00-12:00
Concepts de base: interface, historique, workflow
L’analyse des données NGS :  découverte de polymorphismes, ChIP-seq. ARN-seq
En utilisant votre propre instance sur Cloud
Publication de « résultats supplémentaires » à l’aide des pages de Galaxy

Galaxy pour les développeurs :

14:00-17:00
Galaxy l’architecture
Outils pour le système Galaxy, Galaxy « entrepôt d’outils »
API
Exécution des sites de production Galaxy: infrastructure, planification de « jobs », de données et de gestion des utilisateurs

Cette tournée est à l’image de Galaxy : satisfaisante pour l’utilisateur biologiste qui se sert de cette « plateforme multimodale » comme outil d’analyse au bio-informaticien et informaticien qui intègre ses propres outils à Galaxy, cet outil chéri de Gaël tient, par la communauté des personnes qui l’anime toutes ses promesses.

Le réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille et le PPF bioinformatique organisent lundi 14 Mai 2012 une conférence sur l’utilisation des outils GMOD (Generic Model Organism Database). Cette conférence se déroulera de 13h30 à 17h30 dans l’amphithéâtre de l’Institut de Biologie de Lille.

« Le projet GMOD a pour objectif de fournir  une série d’outils génériques, clé en main, pour gérer et visualiser différents types de données biologiques. »

Deux interventions sont prévues :

Olivier Arnaiz du CGM Centre de Génétique Moléculaire (UPR 3404 Gif-sur-Yvette) introduira GMOD tout en se focalisant plus particulierement sur deux outils : Chado et Gbrowse. Chado est un schéma de base de données relationnelles qui permet d’intégrer des données « omiques » (génomiques, transcriptomices, séquençages…), tandis que GBrowse est un outil permettant de visualiser des annotations sur un génome.

Joelle Amselem de l’INRA – URGI (BIOGER Versailles) présentera un outil d’annotation développé à l’URGI à partir de modules GMOD. Deux exemples concrets d’utilisation seront développés.

Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger le programme ici.

Si vous souhaitez des informations sur GMOD, je vous invite à consulter la présentation de GMOD.

Chaque année depuis 13 ans, l’AGBT (Advances in Genome Biology and Technology) rassemble les fournisseurs de technologies de pointe, quelques « maîtres » en la matière venant dispenser des cours du soir (sorte de « master-class ») et beaucoup de scientifiques essentiellement Nord-Américains. En effet, cette grande messe de la biologie haut-débit a lieu à Marco Island, île de Floride, lieu de villégiature pour retraités liftés percevant leurs fonds de pension sous forme de rente viagère.

La Côte Est américaine accueille les grandes entreprises de biotechnologies de la côte opposée pour démontrer que la Californie avec des sociétés telles que Illumina, Life technologies, Roche, Pacific Biosciences, Agilent… reste le meilleur fournisseur de technologies de pointes pour les gros centres de recherches situés sur la Côté Est (NIH, MIT-Broad Institute, Yale…). La Côte Est héberge les deux tiers des séquenceurs haut débit nord-américains. Depuis quatre ans, il faut bien le dire l’AGBT consacre le séquençage haut-débit, technologie qui vampirise la plupart des présentations (n’oublions pas que la jeune société PacBio sponsor principal, vend des séquenceurs…) et sessions « workshop »… au détriment de technologies plus « anciennes » (les puces à ADN par exemple). On le sait, ce type de rassemblements adoube la nouveauté et consacre ce que, parfois, hâtivement, on nomme : innovation.

Bien que ces rassemblements endogames sont critiquables, ils constituent une tribune pour les principaux axes de développements des technologies appliquées au vivant. L’AGBT est un tremplin dont se servent un grand nombre de firmes californiennes pour annoncer des lancements de machines à générer de la séquence. Cet évènement très américanocentré n’a pas de réel pendant européen, malgré les différentes formes prises par des rassemblements tels que le « carrefour des biotechnologies » remplacé par l’Eurobio-event. L’Eurobio-event sorte de biennale  biotech’ où l’on trouve rassemblés beaucoup de vendeurs de robotiques, de pipettes… beaucoup de conférences traitant du business, de l’investissement dans les biotechnologies plus que des biotechnologies en tant que technologies. Assez peu de science dans Eurobio-event, beaucoup de business.

L’AGBT oscille quant à elle, entre un monde de scientifiques avide de nouvelles méthodes visant à l’exploitation rationnelle des flots de données issues de la biologie haut-débit (ce que représente l’illustration ci-dessus) et un monde de vendeurs de solutions appliquées à la recherche en biologie – quand les uns partagent un même « problème » et réfléchissent à une solution optimale pour sortir du sens biologique d’un amas de données, les autres vendent les générateurs de « problèmes » en misant sur la communauté scientifique mondiale pour apporter la réponse aux nouveaux problèmes générés. Il s’agit de trier l’information émanant de ce type de rassemblements en n’oubliant pas que cette vitrine – telle que peut l’être l’AGBT ou tout autre évènement de cette ampleur – peut parfois être un mirage scientifique plus qu’un virage technologique…

L’AGBT cette année 2012 aura lieu du 15 au 18 février sur l’île Marco Island : http://agbt.org/about.html, on y parlera de la technologie de Pacific Biosciences (des retours sur expériences sont prévus, avec leur 15 % de taux d’erreur de séquençage, il s’agit de LA déception technologique de l’année, mais PacBio est aussi LE sponsor principal de la réunion, quel suspens !), on y parlera aussi du futur Ion Proton

Le PPF Bioinformatique de l’Université Lille 1, l’IFR 142 Médecine Cellulaire et Moléculaire de l’Institut Pasteur de Lille et l’IFR 114 Médecine Prédictive et Recherche Thérapeutique organisent une journée scientifique sur le thème de l’analyse bio-informatique des données produites par les technologies de séquençage à haut débit, dans la lignée de l’édition de 2009. Cette année, les sujets abordés couvriront plus particulièrement les données de type RNA-seq, ChIP-seq,…

Les exposés se tiendront dans l’amphithéatre Butiaux, sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille (métro ligne 2, station Grand Palais).

Cette journée sera jumelée au workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, qui aura lieu à partir du lendemain au même endroit.

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Le ppf (Portail du Plan Pluriformation) bioinformatique de Lille 1 organise le 20 septembre prochain sur le campus de Lille 1 une journée scientifique sur la fouille de texte pour la biologie (extraction d’information en génomique, inférence des interactions géniques, …).

Le programme et les détails pratiques sont disponibles sur la page http://www.lifl.fr/~touzet/PPF/fouilletexte11.html

 

 

Le séquenceur de paillasse PGM IonTorrent

Notre laboratoire possède un PGM IonTorrent de Life Technologies. Cet outil haut-débit est un séquenceur de paillasse permettant de réaliser des runs à prix relativement accessible, inférieur à 800€/run  (cf. notre historique du séquençage proposé dans un post précédent).

Nous avons pu réaliser, en avant-première, un séquençage complet d’une souche d’Escherichia coli sur une puce 316 ,qui permet d’obtenir 100Mb / run, soit l’équivalent d’un peu plus d’une couverture de 20X d’une Escherichia coli.

Pour plus d’informations sur ce séquençage, vous pouvez lire:

– le communiqué de presse associé : CP_Escherichia_coli

-L’article de Futura Sciences sur le sujet : http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/genetique-1/d/sequencage-haut-debit-de-coli-vers-une-medecine-personnalisee_31316/

– Des articles plus généralistes sortis dans différents journaux :

www.20minutes.fr

partenairesante.arsnpdc.fr

Ou regarder ces reportages (datés du 06/07/2011) :

Reportage-LCI-séquençage-coli-06072011

Reportage-BFMTV-séquençage-coli-06072011

 

10 chips 314 = 1 chip 316

 

 

étape de préparation de la matrice enrichie

Le procédé de séquençage se déroule sur 3 jours :

– préparation de la librairie : 1 jour (fragmentation de l’ADN génomique…)

– préparation de la matrice : 1 jour (PCR en émulsion + enrichissement)

-séquençage de la matrice enrichie : 1/2 jour

c'est parti !

 

Et on obtient le report suivant : Report Run IonTorrent

(*) Sequencing data were generated using system software and protocols bothnon released and non supported by Ion TorrentTM (part of Life TechnologiesTM) and may not reflect actual Ion Torrent PGMTM performance in term of throughput and/or accuracy.

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